Une solution, même tardive vaut mieux que pas de solution du tout.
les webservices dans dolibarr utilisent une librairie GPL nusoap, qui reçoit la réponse codée en ISO...
Or depuis dolibarr 2.5 et surtout 2.6, dolibarr fonctionne en full UTF-8, donc le problème d'armantine debenait courant.
Il faut convertir les chaînes de caractères reçues des webservice en UTF-8 avant de les utiliser ou enregsitrer dans la base dolibarr. Pour cela la fonction mb_convert_encoding ( string $str , string $to_encoding [, mixed $from_encoding ] ) cf
http://fr2.php.net/manual/fr/function.mb-convert-encoding.php fonctionne bien.